Somente se você colocar uma lista na frente do seu site que possa ser vista pelo público em geral. Se você escolher USUÁRIO, ADMIN ou NÃO, nas configurações da lista, esses arquivos não serão indexados pelos mecanismos de pesquisa.
No entanto, se os seus arquivos precisarem ser visualizados pelos visitantes, você pode impedir que mecanismos de pesquisa legítimos indexem a página que contém a lista de arquivos usando o seu site robots.txt Arquivo. Se você usa um plugin de SEO, procure por ele.
Nota - A própria pasta de upload é protegida da indexação geral por um arquivo index.html